Предприятия города должны быть оборудованы локальными очистными сооружениями, которые производят предварительную очистку сточных вод от промышленных загрязнений. Далее все стоки на городских очистных канализационных сооружениях (ГОКС) проходят несколько ступеней механической, биологической и химической очистки. Сложнейшие процессы основаны на точных расчётах состава вод, поступающих в очистку, и превышение нормативов по составу сточных вод приводит к сбою технологического процесса очистки.

 За последние десятилетия множество локальных очистных сооружений предприятий и организаций пришли в негодность, и должного внимания этой работе не уделяется. Поэтому вся ответственность за качество очистки сточных вод, в конечном итоге, переложена на СКС. При этом стоки, не прошедшие предварительную очистку, не только усложняют работу ГОКС, но и постепенно разрушают канализационные коммуникации.

Согласно Федеральному законодательству абоненты, пользующиеся централизованной системой водоотведения, обязаны иметь и надлежащим образом эксплуатировать локальные очистные сооружения, обеспечивая предварительную очистку сточных вод.  

Законодательством РФ предусмотрено начисление предприятиям, нарушающим установленные нормативы, соответствующей платы, зависящей от качества сточных вод, сброшенных в централизованную систему водоотведения.

 По состоянию на 10 июня 2015 года задолженность самарских предприятий за превышение предельно допустимой концентрации загрязняющих веществ в сточных водах составила 110 млн. рублей. Собранные средства СКС направляет, в том числе, на реконструкцию городских очистных канализационных сооружений. По планам компании только в 2015-2017 годах на эти цели будет израсходован 1 миллиард 400 миллионов рублей.

Главная цель ООО «Самарские коммунальные системы» - добиться полного соблюдения установленных нормативов сброса загрязняющих веществ в городскую систему водоотведения и качественной очистки стоков.